Poté, co strávil více než tři roky jako rukojmí na francouzském dvoře, využil nepokojů páté náboženské války, aby 5. února 1576 uprchl. Když se znovu připojil ke svým stoupencům, vrátil se k protestantismu a tentokrát se 13. června zřekl katolicismu.
Dvůr v Néracu
V roce 1577 se zúčastnil, i když jen váhavě, šesté náboženské války vedené svým bratrancem, knížetem z Condé (hugenotem).
Henri byl nyní konfrontován s nedůvěrou protestantů, kteří mu vyčítali nedostatek náboženské upřímnosti. Odstěhoval se z Béarnu, který byl tehdy pevně pod kontrolou kalvinistů. Protivil se mu však ještě více nepřátelství katolíků. V prosinci 1576 málem zahynul v léčce nastražené ve městě Eauze. Bordeaux, hlavní město jeho vlády, mu odmítlo vstup. Henri se usadil podél Garonny, v Agenu a Lectoure, jež měly tu výhodu, že byly blízko jeho zámku v Néracu. Jeho dvůr tvořili šlechtici obou vyznání. Jeho poradci byli především protestanti, jako Duplessis-Mornay a Jean de Lacvivier.
Od října 1578 do května 1579 jej navštívila královna matka Kateřina Medicejská, aby dokončila smíření království. V naději, že jej učiní poslušnějším, mu přivedla zpět svou manželku Markétu.
Po dobu několika měsíců žili manželé z Navarry v přepychu na zámku v Néracu. Dvůr se oddával lovu, hrám a tancům, což protestantským kazatelům bylo krajně proti mysli. Sám Jindřich se oddával radostem ze svádění – zamiloval se postupně do dvou dvorních dam královny: slečny Reboursové a Françoise de Montmorency-Fosseuxové.
Události mezi lety 1580 a 1590 – Jindřich z Navarry se stává dědicem krále Jindřicha III.
Toto období bylo bohaté na zvraty a rozhodnutí pro Jindřicha z Navarry.
Jindřich se tehdy zúčastnil sedmé náboženské války, kterou znovu rozpoutali jeho souvěrci. Při dobytí Cahors jeho armádou v květnu 1580 se mu podařilo zabránit plenění a masakrům navzdory pěti dnům pouličních bojů. To mu vyneslo velkou prestiž, a to jak pro jeho odvahu, tak pro lidskost.
V osobním životě udržoval Jindřich z Navarry mezi lety 1582 a 1590 vztah s katolickou Dianou d’Andoinsovou, které slíbil manželství. Královy milostné avantýry způsobovaly neshody v jeho manželství, které zůstávalo bezdětné. Margueritino odchodu do Paříže (1585) pak definitivně stvrdil jejich rozchod.
V roce 1584 zemřel bez potomka František z Anjou a Alençonu, mladší bratr francouzského krále Jindřicha III. Jelikož neměl žádné děti, král Jindřich III uvažoval o tom, že za svého legitimního dědice určí Jindřicha Navarrského. Poslal vévodu z Épernonu, aby ho pozval, marně, ke konverzi a návratu ke dvoru.
O několik měsíců později byl Jindřich III nucen podepsat smlouvu z Nemours jako záruku své dobré víry vůči Svaté lize, poté vyhlásil válku protestantům a prohlásil je za psance. Šířila se pověst, že ze dne na den zbělela polovina budoucího kníru Jindřicha IV.
Když se znovu vrátil ke své protestantské víře, byl znovu exkomunikován papežem a musel čelit královské armádě, kterou porazil v bitvě u Coutras v roce 1587.
Řada vražd po roce 1588
Rok 1588 byl poznamenán mnoha zvraty. Dne 5. března 1588 náhlá smrt prince Jindřicha z Condé učinila krále Navarrského vůdcem hugenotů.
Dne 23. prosince 1588 provedl francouzský král „vladařským úderem“ vraždu vévody Jindřicha z Guise (hlavy protireformační Ligy, která se stala příliš mocnou), a následujícího dne i jeho bratra, kardinála Ludvíka. Změna politické situace přiměla francouzské a navarrské panovníky k usmíření prostřednictvím smlouvy podepsané 30. dubna 1589. Spojeni proti Katolické lize, jež ovládala Paříž a velkou část království, v červenci téhož roku oblehli hlavní město – avšak nedobyli ho.
Dne 1. srpna 1589 byl král Jindřich III zavražděn Jacquesem Clémentem, fanatickým katolickým mnichem. Před smrtí následujícího dne na následky střelných poranění v podbřišku oficiálně uznal svého švagra, krále Jindřicha III. z Navarry, za svého legitimního nástupce, který se tak stal Jindřichem IV., králem Francie. Na smrtelném loži Jindřich III. poradil svému nástupci, aby přestoupil k náboženství většiny Francouzů.
Král Francie a Navarry, král bez království
Následně započal Jindřich IV. dlouhé dobývání království, neboť tři čtvrtiny francouzského obyvatelstva odmítaly uznat protestantského šlechtice za svého krále. Katoličtí příslušníci Ligy zase odmítali uznat legitimitu tohoto nástupce.
Král Francie a Navarry, avšak osamocený proti Lize
V roce 1589 si Henri IV, vědom svých slabostí, musí nejprve získat na svou stranu veřejné mínění. Katoličtí royalisté požadují, aby se zřekl protestantství, ačkoliv on sám během svých devatenácti let třikrát změnil vyznání. Odmítá, ale ve vyhlášce zveřejněné 4. srpna (tři dny po zavraždění Jindřicha III.) uvádí, že bude respektovat katolickou víru. Mnoho lidí mu však stále nedůvěřuje, a dokonce i někteří protestantští šlechtici, jako například La Trémoille, opouštějí armádu, která se tak zmenšuje ze 40 000 na 20 000 mužů.
Oslabený Henri IV musí odvolat obléhání Paříže, protože šlechtici se vracejí domů a odmítají sloužit protestantovi. Přesto však 29. září 1589 vítězí v bitvě u Arques nad Karlem Lotrinským, vévodou z Mayenne. Desetitisícové vojsko krále drtí 35 000 příslušníků Ligy, vítězství přirovnávané k Davidově nad Goliášem.
Kromě podpory šlechty se k němu přidávají i hugenoti a politici ujištění pevným a lidským velitelem, dále Conti a Montpensier (princové královské krve), Longueville, Luxembourg a Rohan-Montbazon (vévodové a pairové), maršálové Biron a d’Aumont, stejně jako velké množství šlechticů z Champagne, Picardie a Île-de-France.
Následně se mu nepodařilo dobýt Paříž, avšak zmocnil se města Vendôme. I tentokrát dbal na to, aby kostely zůstaly nedotčeny a obyvatelstvo netrpělo průchodem jeho vojska. Díky tomuto příkladu se všechny města mezi Tours a Le Mans vzdaly bez boje. Znovu porazil ligisty a Španěly u Ivry 14. března 1590, kde se zrodil mýtus o bílém péřovém chocholu. Podle Agrippa d’Aubigné měl Henri IV zvolat: „Přidejte se ke mně pod mou bílou chocholku, najdete ji na cestě k vítězství a cti.“
Náboženství znovu nabývá na síle
Protestanti mu vyčítají, že jim nepřiznal svobodu vyznání. V červenci 1591 prostřednictvím ediktu z Mantes (který není třeba zaměňovat s ediktem z Nantes z roku 1598) obnovil ustanovení ediktu z Poitiers (1577), jež jim poskytovalo velmi omezenou svobodu vyznání.
Vévoda z Mayenne, tehdy ve válce s Henri IV, svolal v lednu 1593 generální stavy s cílem zvolit nového krále, který by Henriho IV nahradil. Neuspěl však: stavy vyjednaly s Henriho IV stranou, dosáhly příměří a posléze i jeho konverze.
Povzbuzen láskou svého života, Gabrielle d’Estrées, a uvědomuje si vyčerpání obou stran – jak morální, tak finanční – se Henri IV, prozíravý politik, rozhodl zříci se své kalvínské víry. 4. dubna 1592 v prohlášení zvaném „vhodné opatření“ oznámil svůj záměr seznámit se s katolickou vírou.
Henri IV se zřekl protestantství slavnostně 25. července 1593 v bazilice Saint-Denis, kde byl pokřtěn Jacquesem Davy du Perronem. Nesprávně se mu připisuje výrok „Paříž stojí za mši“ (1593), přestože smysl těchto slov je zcela oprávněný.
Zřeknutí se víry a korunovace krále
Aby urychlil připojení měst a provincií (a jejich guvernérů), rozdal četná sliby a dary v celkové hodnotě 25 milionů livrů. Následné zvýšení daní (daň z hlavy se takřka ztrojnásobila) vyvolalo povstání v provinciích nejvěrnějších králi: v Poitou, Saintonge, Limousinu a Périgordu.
Na začátku roku 1594 Henri IV úspěšně dobyl Dreux a byl korunován králem v katedrále v Chartres 27. února 1594. Stal se tak jedním ze tří francouzských králů, kteří byli korunováni mimo Remeš a Paříž, jež tehdy ovládala Liga. Do Paříže však vstoupil 22. března 1594, kde vydal edikty o svém královské omilostnění a konečně získal 17. září 1595 papežské rozhřešení od Klementa VIII. Postupně se k Henriovi IV připojila celá šlechta a zbytek obyvatelstva – s několika výjimkami, jako byl Jean Châtel, který se 27. prosince 1594 pokusil krále zavraždit v paláci Bouchage nedaleko Louvru.
Nakonec porazil armádu Ligy u Fontaine-Française.
Henri IV konečně plnoprávným králem
### Válka proti Španělsku a Savojsku V roce 1595 Henri IV oficiálně vyhlásil válku Španělsku. Poslední francouzští ligisté, finančně podporovaní Filipem II. Španělským, se stali „zrádci“. Henri IV však měl velké potíže s odrážením španělských útoků v Pikardii. Dobytí Amiens Španěly a vylodění hispánských vojsk v Bretani, kde guvernér Philippe-Emmanuel de Lorraine, vévoda z Mercœur, stále odmítal uznat Henriho IV, ho dostalo do nebezpečné situace. Ten byl bratrancem rodiny z Guise a švagrem zesnulého krále Jindřicha III. Další problém představovala šlechta protestantského vyznání, která se – stejně jako La Trémoille a Bouillon – zdržovala od bojů, šokována Henriho IV konverzí ke katolictví. Protestanti, kteří byli v plné porážce, obvinili krále, že je opustil. Scházeli se pravidelně na shromážděních, aby obnovili svou politickou organizaci. Dokonce se dopustili toho, že si přivlastnili královské daně pro vlastní potřebu.Ale však Jindřich IV situaci převzal do svých rukou. Po podmanění francouzské Bretaně, zpustošení Franche-Comté a znovudobytí Amiens od Španělů podepsal v dubnu 1598 nantský edikt, který nastolil mír mezi protestanty a katolíky.
Nantes bylo sídlem guvernéra Bretaně, vévody z Mercœur. Ten byl také posledním z rebelů. Celkem náklady na získání šlechty činily 35 milionů tourských liber.
Jelikož byly obě armády vyčerpány, byla 2. května 1598 podepsána mírová smlouva z Vervins mezi Francií a Španělskem. Po desetiletích občanské války byla Francie konečně v míru.
Ale pro Jindřicha IV to ještě nebylo konec. Vedl „bitvu o nantský edikt“, aby získal jeho přijetí jednotlivými parlamenty království. Posledním z nich byl ten v Rouenu v roce 1609.
Přesto však článek zmiňující se o vévodovi savojském ve smlouvě z Vervins vedl k nové válce. Dne 20. prosince 1599 přijal Jindřich IV. vévodu savojského Karla Emanuela I. ve Fontainebleau, aby vyřešil vzniklý spor.
V březnu 1600 požádal vévoda savojský o tříměsíční odklad a poté se vrátil do svých držav. Jakmile lhůta uplynula, Jindřich IV. svolal Karla Emanuela, aby zjistil jeho záměry. Kníže odpověděl, že válka by mu byla méně škodlivá než mír, jaký mu byl nabízen. Jindřich IV. mu vyhlásil válku již 11. srpna 1600, což vedlo ke smlouvě z Lyonu* v roce 1601.
*Smlouva z Lyonu, 17. ledna 1601.
Jednalo se o územní výměnu mezi Jindřichem IV. a Karlem Emanuelem I., vévodou savojským: ten postoupil Francii Bresse, Bugey, území Gex a Valromey, savojská území po několik století, ale získal na oplátku kontrolu nad markrabstvím Saluzzo v Itálii.
Sňatek Jindřicha IV. s Marií Medicejskou
V roce 1599 se Jindřich IV. blížil ke padesátce a stále neměl legitimního dědice. Několik let sdílel život s Gabrielle d’Estrées, ta však nepocházela z vládnoucího rodu a nemohla si nárokovat titul královny. Její náhlá smrt v noci z 9. na 10. dubna 1599, pravděpodobně způsobená porodní křečí, králi umožnila uvažovat o sňatku s novou manželkou hodnou jeho postavení.
V říjnu 1599 nechal anulovat své manželství s královnou Markétou a poté, 17. prosince 1600, se oženil s Marií Medicejskou, dcerou Františka I. Medicejského a Johany Rakouské, neteří Ferdinanda I., toskánského velkovévody. Toto manželství mělo dvojí prospěch: věno vyrovnalo celoroční dluhy a Marie Medicejská porodila 26. září 1601 dauphina Ludvíka (budoucího Ludvíka XIII.), čímž zajistila budoucnost bourbonské dynastie.
Jindřich IV. a jeho další milenky
Ale Jindřich IV. zůstal Jindřichem IV. Kompromitoval své manželství i korunu svými mimomanželskými avantýrami. Nejprve to byla Henrietta d’Entragues, mladá ambiciózní žena, která se snažila vydírat krále, aby legitimizoval děti, které s ním měla. Když její požadavky odmítl, Henrietta d’Entragues proti svému královskému milenci spřádala četné intriky. Roku 1602, když Jindřich IV. přijel představit svou kmotřenku Luisu de Gondi do kláštera Saint-Louis v Poissy, kde měla roku 1623 usednout jako abatyše, upoutala jeho pozornost krása Luisy de Maupeou, kterou začal dvořit.
V roce 1609, poté co měl Henri několik dalších milostných vztahů, se zamiloval do mladé Charlotte-Marguerite de Montmorency. Toho roku vstoupila do služeb královny Marie Medicejské, manželky Jindřicha IV. Zamiloval se do ní během zkoušky baletu, kdy jí bylo pouhých 14 let a králi bylo 56. V květnu 1609 Jindřich IV. zrušil zasnoubení Charlotte s markýzem de Bassompierre a provdal ji za prince z královské krve, Henriho II. de Bourbon-Condé. Jindřich IV. spoléhal na shovívavost svého bratrance, který byl známý svou preferencí pro muže. Její manžel však její neustálé pokusy o sblížení nesnesl a odešel s ní z královského dvora. Jindřich IV. je následoval do provincií a snažil se k ní dostat různými převleky. Aby se jí vyhnul, Condé odvezl svou manželku do Bruselu, tehdejšího hlavního města Španělského Nizozemí.
Byl to pouhý záminka pro válku, kterou Jindřich IV. plánoval zahájit 17. května 1610, aby „osvobodil“ Charlotte? Nebo to bylo naopak?