重建与王国的和平
宗教战争结束后，法国开始重建。到1610年，农业生产恢复到1560年的水平。对和平的普遍渴望促进了经济复苏，尤其是朗格多克和北部地区。
为了治理国家，亨利四世依靠了像罗尼男爵（未来的苏利公爵）、天主教徒维莱鲁瓦和经济学家巴尔泰勒米·拉费马这样的能干的大臣和顾问。
和平的年份充实了国库。亨利四世建造了卢浮宫的长廊，将宫殿与杜乐丽花园连接起来。他还发起了多项工程，扩建和装饰了枫丹白露和圣日耳曼昂莱的皇家城堡，聘请了多位才华横溢的雕塑家（皮埃尔·比亚尔长老、皮埃尔·弗朗克维尔、马蒂厄·雅克、巴尔泰勒米·普里厄、让·曼萨尔）和法国及佛兰德的画家（图桑·迪布雷伊、安布鲁瓦兹·杜布瓦、雅各布·布内尔、马丁·弗雷米内）。
他实施了现代城市规划政策。他继续建设由前任开始的新桥。在巴黎，他建造了两个新广场：皇家广场（今沃格广场）和达芬广场，位于城岛。他还计划在马莱区北部建造一个半圆形的“法国广场”，但这一计划最终未能实现。
为了安抚联盟的前支持者，亨利四世还支持耶稣会进入法国，他们在战争期间曾号召刺杀国王，并于1598年创立了“皈依基金”。他与洛林公爵查理三世和解，并将妹妹凯瑟琳·德·波旁嫁给了后者的儿子。亨利四世是一位虔诚的天主教徒——尽管并非非常虔诚——并鼓励妹妹和大臣苏利转教，但两人都未改变信仰。
亨利四世遇刺及继位
亨利四世认为自己的军队已准备好重启十年前结束的冲突，因此与德国新教徒的福音联盟结盟。1610年4月25日，法国国王亨利四世的代表弗朗索瓦·德·博讷·德·莱迪吉耶尔在苏萨谷的布鲁佐洛城堡签署了《布鲁佐洛条约》，与萨伏依公爵查理·埃马纽埃尔一世结盟。
欧洲战争的爆发既不符合教皇的意愿——他关注基督教诸侯之间的和平——也不符合法国臣民的意愿，他们更担心自身的安宁。无法接受与新教诸侯结盟反对天主教统治者，一些牧师通过布道煽动前联盟成员的情绪。亨利四世还在王后的亲信中发现了一个反对其政策的派系。国王的处境岌岌可危，不仅仅是因为天主教徒的反对，因为新教徒也试图在南特敕令下维持其政治特权。
一场未发生的战争
亨利四世统治的末期，与哈布斯堡家族的关系紧张，并重新对西班牙开战。亨利四世介入了天主教皇帝与德国新教诸侯之间的继承权争端，他支持后者，争夺克莱沃和于利希的继承权。1610年4月25日，亨利四世的代表弗朗索瓦·德·博纳·德·莱迪格耶尔在苏萨谷的布鲁佐洛城堡与萨伏依公爵查理·埃马纽埃尔一世签署了《布鲁佐洛条约》。
亨利四世与血统第一王子亨利二世·德·孔代（他娶了夏洛特·玛格丽特·德·蒙莫朗西）之间的紧张关系，导致后者为了保护妻子免受亨利四世宫廷的压力，逃往布鲁塞尔。这些紧张关系既是施加压力的手段，也是法国国王可能对西班牙（哈布斯堡家族）控制下的布鲁塞尔进行外部干预的潜在借口。
最终，远征计划定于5月17日开始，国王准备率军出发，决定在离开前为妻子玛丽·德·美第奇加冕。
玛丽·德·美第奇的加冕与亨利四世的遇刺
为了确保自己缺席期间政府的稳定，亨利四世于1610年5月13日在圣丹尼斯为玛丽·德·美第奇举行了正式加冕仪式。次日，即5月14日，苏利不适，国王决定穿过巴黎前往兵工厂（靠近巴士底狱）探望他。当王室马车行经费龙里街8-10号时，国王被狂热的天主教徒弗朗索瓦·拉瓦亚克刺了三刀。亨利四世被紧急送回卢浮宫，最终因伤重不治身亡，享年57岁。调查结论认为这是一个疯子的孤立行动。对哈布斯堡家族的佛兰德远征被取消。
拉瓦亚克因谋杀国王被巴黎议会判处死刑。他于1610年5月27日在巴黎格雷夫广场被绞死并分尸。开膛破肚是专门针对弑君者的刑罚。
经过对已故国王的尸检和防腐处理后，他曾承诺将自己的圣物赠予拉弗莱什耶稣会学院，他的心脏被放入一个银质圣物匣中的铅罐，送往拉弗莱什的圣路易教堂。他的遗体随后在卢浮宫的展览厅展出，接着在卡里亚蒂德厅展出他的遗像。
亨利四世于1610年7月1日被安葬在圣但尼大教堂，经过数周的葬礼仪式后，关于善良的亨利国王的传说已经开始流传。在1610年5月15日举行的法庭会议上，他的长子、九岁的路易十三世宣布由亨利四世的遗孀、梅迪奇王后玛丽担任摄政。
亨利四世去世后：历经世纪仍影响深远
1793年圣但尼王室陵墓的开放
关于圣丹尼斯王陵和遗体命运的提案是在1793年7月31日恐怖时期的国民公会会议上由巴雷尔提出的，以庆祝1792年8月10日攻占杜伊勒里宫，并以回收棺材中的铅为借口，攻击“肮脏的骨灰”。
这场亵渎行为发生在1793年8月、9月和10月，并于1794年1月18日结束。革命者将四十二位国王、三十二位王后、六十三位王子、十位王国仆从以及大约三十位修道院院长和其他宗教人士的骨灰，投入石灰床之间，埋入当时位于圣殿北侧的修道院墓地的集体坟墓中。
1793年10月12日，亨利四世的橡木棺被锤子砸开，铅棺被凿开。据目击者称：“他的遗体保存完好，面部特征清晰可辨。他被裹在同样保存完好的裹尸布中，停放在下层小教堂的通道内。所有人都可以看到他，直到10月14日星期一上午，他被抬到圣所台阶下的合唱席，一直停放到下午两点，然后被埋葬在瓦卢瓦公墓。
许多人取走了小“圣物”（指甲、胡须）。传言称，公社代表取了他的面部石膏模，成为未来国王死亡面具的模板，这显然是一个传说。同样，没有文件或档案证实国王的头颅被砍下并被盗。相反，所有目击者都提到亨利四世的遗体完整地被扔进集体坟墓，然后被他的后代遗体覆盖。
路易十八的修复
在第二次复辟时期，路易十八（路易十六的兄弟）于1817年1月19日下令将前任君主的遗骸从坑中移出，经过一周的搜寻。这些遗骸于1月18日被发现，得益于大理石工匠弗朗索瓦-约瑟夫·塞利耶的帮助。由于石灰使得无法单独辨认（除了“三具无头遗骸”，如委员会所记录），这些遗骸被集中放置在圣但尼圣殿地下室的骨灰堂中，共十余个棺木，并用刻有君主姓名的大理石板封存。
国王还将其兄弟路易十六和玛丽·安托瓦内特的遗骸从马德莱娜公墓移出，于1815年1月21日（路易十六遇难周年）在圣但尼举行隆重的葬礼重新安葬。
亨利四世头骨争议（2010-2013）
2010年和2012年，由法医病理学家菲利普·沙利埃领导的科学家团队成功确认了国王木乃伊化的头颅，该头颅在法国大革命期间似乎被从其身体上分离——尽管没有档案记录支持这一点。亨利四世的遗体向公众展示了两天，然后与其他国王的遗体一起被丢弃在一座集体墓穴中。20世纪初，一位收藏家声称拥有国王的木乃伊化头颅。直到2010年国王遇刺四百周年之际，才对这件疑似遗物进行了科学分析。
初步研究发现有三十个相符点，确认了这颗防腐头颅确实属于亨利四世，研究作者称“有99.99%的把握”。这一结论在2012年被巴塞罗那进化生物学研究所的第二项研究所确认，该研究成功提取了DNA并与路易十六的疑似DNA进行了比较（该DNA来自一块据称在国王行刑当天浸过其鲜血的手帕）。公布结果时，向公众展示了一张通过3D技术虚拟重建的皇室面容。
这一认证遭到多位历史学家、遗传学家、法医学家、考古学家、古人类学家和记者的质疑，包括乔埃尔·科内特、让-雅克·卡西曼、马尔滕·拉姆塞、杰弗里·洛林·德·拉·格朗梅松、伊夫·德·基什、弗朗克·费朗、吉诺·福纳恰里和菲利普·德洛姆。
2010年12月，波旁王朝的路易王子向尼古拉·萨科齐总统请愿，要求将其祖父的疑似头颅重新安葬在圣丹尼斯大教堂的王室陵寝中。据让-皮埃尔·巴贝隆称，尼古拉·萨科齐最初计划在2012年5月举行仪式。然而，围绕遗物的争议和总统竞选推迟了庆典日期，而后由弗朗索瓦·奥朗德接任总统后，该项目被彻底放弃。
2013年10月9日，发表在《欧洲人类遗传学杂志》上的一篇科学论文，由鲁汶天主教大学的遗传学家马尔滕·拉姆塞和让-雅克·卡西曼以及几位历史学家联合撰写，指出波旁王朝现存的三位王子的Y染色体与2012年研究中分析的头颅和血液中的DNA特征差异极大。该论文推测样本可能被污染，而对已确认的路易十七（路易十六之子）的心脏进行Y染色体分析可能消除所有疑虑。但迄今为止尚未采取任何行动。