王国の再建と平和
宗教戦争の後、フランスは再建を始めた。1610年までに、農業生産は1560年の水準に回復した。平和への強い願いが経済復興を促し、特にラングドックや北部地域で顕著だった。
統治のため、アンリ4世はバロン・ド・ロニー（後のスリ公）、カトリックのヴィレロワ、経済学者のバルトロミー・ド・ラフェマなど、優秀な大臣や顧問を頼った。
平和の年月は財政を充実させた。アンリ4世はルーヴル宮殿の大回廊を建設し、宮殿をチュイルリー宮殿と結んだ。また、フォンテーヌブローとサンジェルマン＝アン＝レーの大規模な王宮の拡張と装飾を進め、ピエール・ビヤール・レ・アン、ピエール・フランクヴィル、マチュー・ジャック、バルトロミー・プリュール、ジャン・マンサールなどの優れた彫刻家や、トゥサン・デュブレイユ、アンブロワーズ・デュボワ、ジャック・ビュネル、マルタン・フレミネなどのフランスとフランドルの画家を招いた。
彼は近代的な都市計画を実施した。前任者が始めたポン・ヌフの建設を続け、パリに2つの新しい広場、プラス・ロワイヤル（現在のプラス・デ・ヴォージュ）とイル・ド・ラ・シテのプラス・ドーファンを建設した。また、マレ地区の北に半円形の「プラス・ド・フランス」を建設する計画も立てたが、実現しなかった。
リーグの元支持者を安心させるため、アンリ4世は戦争中に王の暗殺を呼びかけたイエズス会士のフランスへの入国を認め、1598年に「改宗基金」を創設しました。彼はロレーヌ公シャルル3世と和解し、妹のカトリーヌ・ド・ブルボンをその息子と結婚させました。アンリ4世は熱心なカトリック信者（ただし、信心深くはなかった）で、妹やスリ公に改宗を促しましたが、どちらも応じませんでした。
アンリ4世の暗殺と王位継承
アンリ4世は10年前に終わった戦争を再開する準備が整ったと信じ、ドイツのプロテスタントである福音同盟と同盟を結びました。1610年4月25日、フランス王アンリ4世の代表であるフランソワ・ド・ボン・ド・レディギエールは、スーザ渓谷のブルゾロ城でサヴォイア公シャルル・エマニュエル1世とブルゾロ条約に調印しました。
ヨーロッパでの戦争勃発は、キリスト教諸侯間の平和を望む教皇や、自国の平和を心配するフランスの臣民にとって望ましいものではありませんでした。カトリックの君主に対抗するためにプロテスタント諸侯と同盟を結ぶことを受け入れられない司祭たちは、説教で元リーグ派の感情を煽りました。アンリ4世は王妃の側近の中にも自分の政策に反対する派閥を見出しました。王はカトリックだけでなく、ナント勅令によって政治的特権を維持しようとするプロテスタントからも脅かされており、非常に不安定な立場にありました。
起こらないはずだった戦争
アンリ4世の治世の終わりは、ハプスブルク家との緊張とスペインに対する敵対行為の再開によって特徴づけられました。アンリ4世は、カトリックの皇帝とプロテスタントのドイツ諸侯の間の継承争いに介入し、彼らを支持しました。クレーヴスとユーリヒの継承問題においてです。1610年4月25日、アンリ4世のフランス代表であるフランソワ・ド・ボーヌ・ド・レディギエールは、スーザ渓谷のブルゾロ城で、サヴォイア公シャルル・エマニュエル1世とブルゾロ条約に調印しました。
アンリ4世と血統上の第一位のアンリ2世・ド・コンドー（彼はシャルロット・マルグリット・ド・モンモランシーと結婚）との間の緊張は、後者がアンリ4世の圧力から妻を守るためにブリュッセルに逃れるに至りました。これらの緊張は、フランス王がスペイン（ハプスブルク家）が支配するブリュッセルに対して外部からの介入の圧力や潜在的な口実となりました。
最終的に、キャンペーンは5月17日に開始される予定でした。そして、王が軍隊と共に出発するつもりだったため、彼は妻のマリー・ド・メディシスを戴冠させることにしました。
マリー・ド・メディシスの戴冠とアンリ4世の暗殺
不在中の政府の安定を確保するため、アンリ4世は1610年5月13日にサン・ドニでマリー・ド・メディシスを正式に戴冠させました。翌14日、スリーは体調不良だったため、王は彼をアールセナル（バスティーユ近く）で訪ねるためにパリを横断することにしました。王の馬車が8-10番地のフェロネリ通りを通過する際、王は熱狂的なカトリック信者のフランソワ・ラヴァヤックに3回刺されました。アンリ4世はルーヴル宮殿に急送されましたが、傷が原因で亡くなりました。彼は57歳でした。調査の結果、これは狂人の孤立した行動であったと結論づけられました。ハプスブルク家に対するフランドル遠征は中止されました。
ラヴァイヤックは国王殺害の罪でパリ議会から死刑を宣告され、1610年5月27日、パリのグレーヴ広場で四つ裂きの刑に処された。内臓を引きずり出す刑は王殺しに対する刑罰であった。
亡き国王の解剖と防腐処理が行われた後、彼はラ・フレシュのイエズス会学校に遺品を約束していたため、心臓は銀の聖遺物箱に納められた鉛の壺に入れられ、ラ・フレシュのサン＝ルイ教会に送られた。その後、遺体はルーヴル宮殿のパレード室に安置され、その肖像はカリアティデスの間に展示された。
アンリ4世は1610年7月1日、サン＝ドニ大聖堂に埋葬された。数週間にわたる葬儀の儀式はすでに「善王アンリ」の伝説を生み始めていた。1610年5月15日に行われたリ・ド・ジャスティスの際、9歳の長男で国王ルイ13世は、アンリ4世の未亡人マリー・ド・メディシス王太后の摂政を宣言した。
アンリ4世の死後：世紀を超えてなお影響を与える
1793年のサン＝ドニにおける王家の墓所の開放
サン＝ドニの王家の墓と遺体の運命を決める提案は、1793年7月31日の国民公会の会議で、バレールによってなされました。これは、1792年8月10日のティュイルリー宮殿陥落を祝うため、そして棺から鉛を回収するという口実のもと、暴君たちの「不浄な灰」を攻撃するためでした。
この冒涜は1793年8月、9月、10月に行われ、1794年1月18日に終了しました。革命家たちは42人の国王、32人の王妃、63人の王族、10人の王国の従者、そして約30人の修道院長やその他の宗教関係者の遺灰を「石灰のベッドの間」に投げ込み、かつてバジリカ北側にあった修道士の墓地に集団墓地に埋めました。
1793年10月12日、アンリ4世のオークの棺はハンマーで破壊され、鉛の棺はノミで開けられました。目撃者によると、「彼の遺体はよく保存されており、顔の特徴は完全に識別できました。彼は下部礼拝堂の通路に、同様によく保存された遺体布に包まれて横たわり、誰でも見ることができました。月曜日午前中の10月14日まで、彼は聖域の階段の下にある聖歌隊に運ばれ、午後2時までそこに置かれ、その後ヴァロワ墓地に埋葬されました。
何人かの人々が「聖遺物」（爪の一部、髭の一房）を持ち去りました。コミューンの代表が王の顔の石膏型を取り、将来の王の死のマスクの型を作ったという噂は、おそらく伝説です。同様に、王の頭が切断され盗まれたという証拠はなく、逆にすべての目撃者はアンリ4世の遺体が全体で集団墓地に投げ込まれ、その後その子孫たちの遺体で覆われたことを語っています。
ルイ18世による修復
第二次復古期に、ルイ18世（ルイ16世の兄）は、1817年1月19日、1週間の捜索の末、先祖の遺骨を墓穴から回収させました。1月18日、大理石職人フランソワ＝ジョゼフ・セリエの尽力により発見されました。これらの遺骨は、石灰の影響で個別の特定が困難だったため（ただし「上半身のない3体」は特定されたと委員会が記録）、サン＝ドニ大聖堂の地下聖堂にある骨壷にまとめて納められ、10個の棺に収められました。棺には大理石のプレートが取り付けられ、王族の名前が刻まれました。
また、ルイ18世は兄ルイ16世とマリー・アントワネットの遺骨をマドレーヌ墓地から回収し、1815年1月21日（ルイ16世の命日）にサン＝ドニで盛大な葬儀を執り行い、再び埋葬しました。
アンリ4世の頭蓋骨をめぐる論争（2010-2013年）
2010年および2012年、法医学者のフィリップ・シャルリエをリーダーとする科学者チームは、フランス革命期に体から切り離されたとされるヘンリー4世のミイラ化した頭部を認証することに成功した。ただし、この頭部が体から切り離されたという記録は存在しない。ヘンリー4世の遺体は2日間公衆に公開された後、他の王たちと共に集団墓地に埋葬された。20世紀初頭、あるコレクターが王のミイラ化した頭部を所持していると主張した。2010年の王の暗殺400周年を機に、この疑われる遺物に対して科学的分析が行われた。
初期の研究では、30の一致点が見つかり、ミイラ化した頭部の正体がヘンリー4世であることが「99.99％の確率」で確認された。この結論は、2012年にバルセロナの進化生物学研究所で行われた2度目の研究によっても支持された。この研究では、DNAを抽出し、処刑の日に王の血に浸されたとされるハンカチから得られたルイ16世の推定DNAと比較した。結果発表と同時に、王の顔の3Dイメージが公開された。
この認証には、歴史家、遺伝学者、法医学者、考古学者、古人類学者、ジャーナリストなど、ジョエル・コルネット、ジャン＝ジャック・カシマン、マールテン・ラームスー、ジョフロワ・ロラン・ド・ラ・グランマソン、イヴ・ド・キッシュ、フランコワ・フェラン、ジーノ・フォルナチャーリ、フィリップ・ドロームらが反論している。
2010年12月、ルイ・ド・ブルボン王子は、祖父とされる頭部をサン＝ドニ大聖堂の王家墓地に再埋葬するよう、ニコラ・サルコジ大統領に要請した。ジャン＝ピエール・バベロンによると、サルコジ大統領は当初2012年5月の式典を計画していた。しかし、遺物をめぐる論争と大統領選挙の影響で式典の日程が延期され、その後、ニコラ・サルコジに代わってフランス共和国大統領となったフランソワ・オランドによってこのプロジェクトは放棄された。
2013年10月9日、『ヨーロッパ人類遺伝学ジャーナル』に、ルーヴェン・カトリック大学の遺伝学者マールテン・ラームスーとジャン＝ジャック・カシマン、そして複数の歴史家が共同執筆した科学論文が掲載された。この論文では、現在生きているブルボン家の3人の王子のY染色体が、2012年の研究で分析された頭部と血液のDNAシグネチャーと著しく異なることが示された。この論文では、サンプルが汚染された可能性を指摘し、ルイ17世（ルイ16世の息子）の心臓のY染色体分析が疑問を解消する可能性があると推測している。しかし、この方向での具体的な行動はまだ取られていない。