Poté, co strávil více než tři roky jako rukojmí u francouzského dvora, využil nepokojů páté náboženské války a uprchl 5. února 1576. Když se připojil ke svým stoupencům, vrátil se k protestantství, tentokrát tím, že 13. června zřekl se katolictví.
Dvůr v Néracu
V roce 1577 se jen váhavě zúčastnil šesté náboženské války vedené jeho bratrancem, knížetem z Condé (hugenotem).
Henri byl nyní konfrontován s nedůvěrou protestantů, kteří mu vyčítali nedostatek náboženské upřímnosti. Odstěhoval se z Béarnu, který byl tehdy pevně pod kontrolou kalvinistů. Proti němu se ještě více obrátili katolíci. V prosinci 1576 málem zahynul v léčce nastražené ve městě Eauze. Bordeaux, hlavní město jeho vlády, mu odmítlo vstup. Henri se usadil podél řeky Garonny, v Agenu a Lectoure, které měly tu výhodu, že byly blízko jeho zámku v Néracu. Jeho dvůr tvořili šlechtici obou vyznání. Jeho poradci byli především protestanté, jako Duplessis-Mornay a Jean de Lacvivier.
Od října 1578 do května 1579 ho navštívila královna matka Kateřina Medicejská, aby dokončila pacifikaci království. V naději, že ho učiní poslušnějším, mu přivedla zpět svou manželku Markétu.
Po několik měsíců žil pár z Navarry v luxusu na zámku v Néracu. Dvůr se oddával lovu, hrám a tancům, k nelibosti protestantských kazatelů. Henri sám se oddával radostem svádění – postupně se zamiloval do dvou dvorních dam královny: slečny Reboursové a Françoise de Montmorency-Fosseuxové.
Události mezi lety 1580 a 1590 – Jindřich z Navarry se stává dědicem krále Jindřicha III.
Toto období bylo pro Jindřicha z Navarry plné zvratů a rozhodnutí.
Henri se tehdy zúčastnil sedmé náboženské války, kterou znovu rozpoutali jeho souvěrci. Při dobytí Cahors jeho armádou v květnu 1580 dokázal předejít plenění a masakrům navzdory pěti dnům pouličních bojů. To mu vyneslo velkou prestiž, a to jak pro jeho statečnost, tak pro lidskost.
Po stránce osobní měl Jindřich z Navarry mezi lety 1582 a 1590 vztah s katoličkou Dianou d’Andoins, které slíbil sňatek. Královy milostné avantýry způsobily roztržky v jeho manželství, které zůstalo bezdětné. Odchod Markéty do Paříže (1585) znamenal definitivní konec jejich vztahu.
V roce 1584 zemřel František z Anjou a Alençonu, mladší bratr krále Jindřicha III. Francouzského, bezdětný. Protože neměl potomka, král Jindřich III. zvažoval jmenovat Jindřicha z Navarry svým právoplatným dědicem. Poslal vévodu z Épernon, aby ho pozval, marně, ke konverzi a návratu na dvůr.
O několik měsíců později byl Jindřich III. nucen podepsat smlouvu z Nemours jako záruku své dobré vůle vůči Svaté lize a poté vyhlásil protestantům válku a prohlásil je za psance. Šířila se pověst, že přes noc zbělela polovina budoucího kníru Jindřicha IV.
Když se vrátil ke své protestantské víře, byl znovu exkomunikován papežem a musel čelit královské armádě, kterou porazil v bitvě u Coutras v roce 1587.
Řada vražd po roce 1588
Rok 1588 byl poznamenán mnoha zvraty. 5. března 1588 náhlá smrt knížete Jindřicha z Condé postavila krále Navarry do čela hugenotů.
Dne 23. prosince 1588 provedl francouzský král „královským úderem“ vraždu vévody Jindřicha z Guise (hlavy protireformační Ligy, která se stala příliš mocnou), a také jeho bratra, kardinála Ludvíka, následujícího dne. Změna politické situace přiměla francouzské a navarrské panovníky k usmíření prostřednictvím smlouvy podepsané 30. dubna 1589. Spojení proti katolické Lize, jež ovládala Paříž a velkou část království, se jim podařilo oblehnout hlavní město v červenci téhož roku – avšak nedobyli jej.
Dne 1. srpna 1589 byl král Jindřich III zavražděn Jacquesem Clémentem, fanatickým katolickým mnichem. Před smrtí následujícího dne na následky střelných zranění v podbřišku oficiálně uznal svého švagra, krále Jindřicha III. Navarrského, za svého legitimního nástupce, který se tak stal Jindřichem IV., králem Francie. Na smrtelné posteli Jindřich III. svému nástupci radil, aby přestoupil k náboženství většiny Francouzů.
Král Francie a Navarry, král bez království
Začala tak dlouhá Jindřichova IV. cesta k dobytí království, neboť tři čtvrtiny francouzského obyvatelstva odmítaly uznat protestantského šlechtice za krále. Katoličtí příslušníci Ligy zase odmítali uznat legitimitu tohoto nástupnictví.
Král Francie a Navarry, ale osamocený proti Lize
V roce 1589, vědom si svých slabostí, se Jindřich IV. musel nejprve snažit získat podporu. Královští katolíci požadovali, aby se zřekl protestantství – on, který do svých devatenácti let třikrát změnil vyznání. Odmítl, avšak ve vyhlášce zveřejněné 4. srpna (tři dny po Jindřichově III. vraždě) uvedl, že bude ctít katolické náboženství. Mnoho lidí však zůstalo k jeho osobě skeptických a někteří protestanti, jako například La Trémoille, dokonce opustili armádu, jež se zredukovala z 40 000 na 20 000 mužů.
Jindřich IV., oslabený, musel odvolat obléhání Paříže, protože šlechtici odcházeli domů a odmítali sloužit protestantovi. Přesto dosáhl vítězství nad Karlem Lotrinským, vévodou z Mayenne, 29. září 1589 v bitvě u Arques. Desetitisícová králova armáda rozdrcovala 35 000 příslušníků Ligy, vítězství přirovnávané k Davidově nad Goliášem.
Kromě podpory šlechty k němu přibyli hugenoti a politici uklidnění pevným a lidským velitelem, dále Conti a Montpensier (princové královské krve), Longueville, Luxembourg a Rohan-Montbazon, vévodové a páni, maršálové Biron a d’Aumont, stejně jako značné množství dalších šlechticů (z Champagne, Picardie, Île-de-France).
Následně se mu nepodařilo dobýt Paříž, avšak zmocnil se města Vendôme. I zde dbal na to, aby kostely zůstaly nedotčeny a obyvatelstvo neutrpělo následky průchodu jeho vojska. Díky tomuto příkladu se bez boje vzdaly všechny města mezi Tours a Le Mans. Znovu porazil příslušníky Ligy a Španěly u Ivry 14. března 1590, kde se zrodil mýtus o bílém péřovém chocholu. Podle Agrippy d’Aubigné tehdy Jindřich IV. zvolal: „Přidejte se ke mně za mým bílým péřem, najdete jej na cestě k vítězství a cti.“
Náboženství znovu nabývá na síle
Protestanti mu vyčítali, že jim nepřiznává svobodu vyznání. V červenci 1591 prostřednictvím ediktu z Mantes (který není třeba zaměňovat s ediktem nantským z roku 1598) obnovil ustanovení ediktu z Poitiers (1577), jež jim poskytovalo velmi omezenou svobodu vyznání.
Vévoda z Mayenne, tehdy ve válce proti Jindřichu IV., svolal v lednu 1593 generální stavy s cílem zvolit nového krále, který by Jindřicha IV. nahradil. Neuspěl však: stavy vyjednávaly s Jindřichovou stranou, dosáhly příměří a následně i jeho konverze.
Podněcován láskou svého života, Gabrielle d’Estrées, a uvědomuje si vyčerpání sil na obou stranách – jak morální, tak finanční – se Henri IV, prozíravý politik, rozhodl zříci se své kalvínské víry. Dne 4. dubna 1592 ve vyhlášení známém jako „úlevné opatření“ oznámil svůj záměr seznámit se s katolickou vírou.
Henri IV se slavnostně zřekl protestantství 25. července 1593 v bazilice Saint-Denis, kde byl pokřtěn Jacquesem Davym z Perronu. Chybně se mu připisuje výrok „Paříž stojí za mši“ (1593), i když podstata těchto slov se zdá být zcela rozumná.
Zřeknutí se víry a královo pomazání
Aby urychlil připojení měst a provincií (a jejich správců), rozdal četná sliby a dary v celkové hodnotě 25 milionů livrů. Následné zvýšení daní (více než 2,7násobné zdanění) vyvolalo povstání v provinciích nejvěrnějších králi: v Poitou, Saintonge, Limousinu a Périgordu.
Na počátku roku 1594 Henri IV úspěšně dobyl Dreux, aby byl následně 27. února 1594 pomazán na krále v katedrále v Chartres. Stal se tak jedním ze tří francouzských králů, kteří byli pomazáni mimo Remeš a Paříž, jež tehdy ovládala vojska Liga. Do Paříže vstoupil 22. března 1594, kde vydal edikty o svém královském odpuštění a nakonec získal 17. září 1595 i papežské rozhřešení od Klementa VIII. Postupně se k Henriovi IV připojovala celá šlechta i zbytek obyvatelstva – s několika výjimkami, jako byl Jean Châtel, který se 27. prosince 1594 pokusil krále zavraždit v hotelu du Bouchage nedaleko Louvru.
Nakonec porazil armádu Liga u Fontaine-Française.
Henri IV konečně plnoprávným králem
Válka proti Španělsku a Savojsku
V roce 1595 Henri IV oficiálně vyhlásil válku Španělsku. Poslední francouzští ligisté, podporovaní finančně Filipem II. Španělským, se stali „zrádci“.
Henri IV však měl velké potíže s odrážením španělských útoků v Pikardii. Dobytí Amiens Španěly a vylodění jejich jednotek v Bretani, kde guvernér Philippe-Emmanuel z Lotrinska, vévoda z Mercœur, stále odmítal uznat Henriho IV, ho dostalo do nebezpečné situace. Ten byl bratrancem rodiny z Guise a švagrem zesnulého krále Jindřicha III.
Další obtíží bylo, že šlechta protestantů, podobně jako La Trémoille či Bouillon, se zdržovala bojů, šokována Henriho IV konverzí ke katolictví. Protestanti, kteří byli v úplném rozkladu, ho obvinili, že je opustil. Scházeli se pravidelně na shromážděních, aby obnovili svou politickou organizaci, a dokonce si přivlastnili královské daně pro vlastní potřebu.
Henri IV však situaci převzal do svých rukou. Po podmanění francouzské Bretaně, zpustošení Franche-Comté a znovudobytí Amiens od Španělů podepsal Nantský edikt v dubnu 1598, který ustanovil mír mezi protestanty a katolíky.
Nantes byly sídlem guvernéra Bretaně, vévody z Mercœur. Ten byl také posledním z rebelů. Celkem stály náklady na připojení šlechty 35 milionů tourských livrů.
Jelikož obě armády byly vyčerpány, byla 2. května 1598 podepsána mírová smlouva ve Vervins mezi Francií a Španělskem. Po desetiletích občanské války byla Francie konečně v míru.
Pro Henriho IV to však nebylo konec. Vedl „bitvu o Nantský edikt“, aby získal jeho přijetí různými parlamenty království. Posledním z nich byl parlament v Rouenu v roce 1609.
Přesto však byla pasáž o vévodovi savojském v mírové smlouvě z Vervins příčinou nové války. Dne 20. prosince 1599 přijal Jindřich IV. vévodu Karla Emanuela I. Savojského ve Fontainebleau, aby vyřešil vzniklý spor.
V březnu 1600 si vévoda vyžádal tříměsíční lhůtu k rozmyšlenou a poté se vrátil do svých držav. Jakmile lhůta uplynula, Jindřich IV. vévodu k sobě povolal, aby zjistil jeho záměry. Kníže odpověděl, že válka by mu byla méně škodlivá než mír takového druhu, jaký mu byl nabízen. Jindřich IV. mu proto vyhlásil válku již 11. srpna 1600, což vedlo ke smlouvě z Lyonu* roku 1601.
*Smlouva z Lyonu, 17. ledna 1601.
Šlo o územní výměnu mezi Jindřichem IV. a Karlem Emanuelem I. Savojským: ten postoupil Francii Bresse, Bugey, území Gex a Valromey, savojská území po několik století, a získal na oplátku kontrolu nad markrabstvím Saluzzo v Itálii.
Sňatek Jindřicha IV. s Marií Medicejskou
V roce 1599 se Jindřich IV. blížil padesátce a stále neměl legitimního dědice. Několik let sdílel život s Gabrielou d’Estrées, avšak ta, nepatřící k panovnické rodině, nemohla nárokovat titul královny. Její náhlá smrt v noci z 9. na 10. dubna 1599, pravděpodobně způsobená porodní křečí, králi umožnila uvažovat o novém sňatku hodícím se k jeho postavení.
V říjnu 1599 nechal zrušit své manželství s královnou Markétou a 17. prosince 1600 se oženil s Marií Medicejskou, dcerou Františka I. Medicejského a Johany Rakouské, neteří Ferdinanda I., toskánského velkovévody. Toto manželství přineslo dvojí prospěch: věno vyrovnalo celoroční dluhy a Marie Medicejská porodila 26. září 1601 následníka trůnu Ludvíka (budoucího Ludvíka XIII.), čímž zajistila budoucnost bourbonské dynastie.
Jindřich IV. a jeho další milenky
Ale Jindřich IV. zůstává Jindřichem IV. Svým mimomanželským poměrům podřizuje manželství i korunu. Nejprve to byla Henrietta d’Entragues, ambiciózní mladá žena, která krále vydírala, aby legitimizoval děti, jež s ním měla. Když její požadavky odmítl, Henrietta d’Entragues proti svému královskému milenci spřádala četné intriky. Roku 1602, když Jindřich IV. představoval svou kmotřenku Luisu de Gondi v klášteře Saint-Louis v Poissy, kde měla roku 1623 usednout jako abatyše, upoutala jeho pozornost krása Luisy de Maupeou, kterou začal dvořit.
Roku 1609, po dalších avantýrách, se Jindřich zamiloval do mladé Šarloty Markéty z Montmorency. Toho roku vstoupila do služeb královny Marie Medicejské, manželky Jindřicha IV. Při zkoušce baletu ji pak okouzlil pětapadesátiletý král. Byla jí pouhých čtrnáct let. V květnu 1609 Jindřich IV. zrušil Šarlotiny zásnuby s markýzem de Bassompierre a provdal ji za prince z královské krve, Jindřicha II. Bourbon-Condého. Jindřich IV. spoléhal na shovívavost svého bratrance, který byl známý svou preferencí pro muže. Její manžel však její neustálé námluvy nesnesl a odešel s ní z dvora. Jindřich IV. je následoval do provincií a pokoušel se k ní dostat v různých převlecích. Aby se jí vyhnul, odvezl ji Condé do Bruselu, hlavního města Španělského Nizozemí.
Byl snad válečný plán, který Jindřich IV. hodlal zahájit 17. května 1610, záminkou k „osvobození“ Šarloty? Nebo tomu bylo naopak?